本協議会は、平成２８年１２月２日付け設立され、大日本水産会内にあった同名の組織として運営していたこのＭＥＬジャパンの事業を全面的に引き継ぐこととなりました。
本協議会の事業の当面の目的は、水産資源の持続的利用という認識の浸透、マリン・エコラベル・ジャパンの認知度の飛躍的向上、日本の水産物の輸出促進に寄与する、そして東京オリンピック・パラリンピックの選手村等における食材調達に加わることにより、日本の水産物の持続可能性を世界にアピールすることなどです。
また、国内及び海外から従来のＭＥＬジャパンの認証基準（規格）が、客観性、独立性、透明性において不足している部分があるのではという指摘に応えるため、 法人化による定款、会員規定、苦情処理規定を定め、認証基準（規格）の改訂に取り組んでいます。
（なお、協議会の目的と事業は「定款」を参照して下さい。）
